W skład zespołu pomnikowego Muzeum Więzienia Pawiak wchodzą ponadto: filar stanowiący fragment bramy wjazdowej, pomnik Drzewa Pawiackiego – brązowa kopia wiązu, świadka historii – na którym rodziny ofiar od 1945 roku umieszczały tabliczki epitafijne, betonowy mur z blokami piaskowca okalający teren Muzeum, z symbolicznymi rzeźbami projektu Tadeusza Łodziany i Stanisława Słoniny. Na dziedzińcu więziennym odsłonięto pomnik – obelisk autorstwa Zofii Pociłowskiej.
Na zrekonstruowanym dziedzińcu specjalnie oznaczono za pomocą marmurowych płyt punkty szczególne – zejście do kostnicy od strony ul. Dzielnej, miejsce gdzie na hałdzie gorącego żużlu i popiołu z pieców centralnego ogrzewania oprawcy kazali się czołgać więźniom, oraz miejsce wagi węglowej, na której 6 grudnia 1943 r. publicznie powieszono trzech więźniów za próbę ucieczki.
O deportacjach do obozów przypominają postawione w ostatnich latach na dziedzińcu zewnętrznym przez byłych więźniów tablice pamiątkowe.