Sezon 2016/17 zakończyli na 2. miejscu z punktem straty do zwycięzcy ligi - MSV Duisburg.
Od 2017 Jako beniaminek 2. Bundesligi w sezonie 2017/18 zajęli 3. miejsce, dająca prawo gry w barażach o Bundesligę. Tam zmierzyli się z zespołem VfL Wolfsburg, z którym przegrali 2:0 w dwumeczu. Podobny rezultat osiągnęli w sezonie 2020/21, w którym także zajęli 3. miejsce i zmierzyli się w barażach z 1. FC Köln, który przegrali w dwumeczu 2:5. Po drodze drużyna z północnych Niemiec zajmowała pozycje: 6. w sezonie 2018/19 i 11. w sezonie 2019/20. Sezon 2021/22 poszedł już gorzej, gdyż zajęli 9. lokatę z dorobkiem 45 punktów.
W sezonie 2020/21 drużyna odniosła sensacyjne zwycięstwo z Bayernem Monachium – obrońcą tytułu Pucharu Niemiec i zwycięzcą Ligi Mistrzów z sezonu 2019/20. W drugiej rundzie pucharu Niemiec wygrali oni po serii rzutów karnych. Ostatecznie dotarli do półfinału, gdzie odpadli z Borussią Dortmund (0:5).
Sezon 2023/24 okazał się przełomowy dla drużyny z północy Niemiec. W przedostatniej kolejce 2. Bundesligi, Holstein Kiel zremisowało z Fortuną Düsseldorf, co pozwoliło im na uzyskanie pierwszego w historii awansu do Bundesligi. Stał się on 58.