Było to pierwsze w Polsce miejsce, gdzie wprowadzono w życie ideę parku ekologicznego, czyli połączenia ochrony przyrody z edukacją ekologiczną opartą na jej bezpośrednim doświadczaniu i zaangażowaniu społecznym na jej rzecz. Celem parku ekologicznego jest bowiem stworzenie warunków dla swobodnego rozwoju istniejących tam biocenoz, ale także umożliwienie obserwacji procesów przyrodniczych w miejscach, w których nie zakłóca to ich przebiegu.

Cały obszar Doliny Wapienicy wchodzi również w skład Parku Krajobrazowego Beskidu Śląskiego oraz obszaru sieci Natura 2000 „Beskid Śląski” PLH240005.

Na terenie Doliny Wapienicy znajdują się dwa rezerwaty przyrody: Stok Szyndzielni – utworzony w 1953 r.; obejmuje północne stoki Trzech Kopców, gdzie występują naturalne zespoły leśne regla dolnego oraz pogranicza regla dolnego i górnego. Jaworzyna – utworzony w 2003 r.; obejmuje wschodnie stoki Wysokiego;