System opłat mały|lewo|Oznaczenie płatnej autostrady w Izraelu Autostrada nr 6 wykorzystuje unikatowy system kamer i transponderów (kanadyjski system 407 ETR) do automatycznego pobierania opłat za przejazd pojazdów. Na drodze nie ma żadnych punktów poboru opłat, co zmniejsza koszty budowy autostrady i ułatwia szybkość przemieszczania się po niej. System opiera się na transponderach umieszczonych w samochodach. Anteny radiowe wykrywają transpondery pojazdów wjeżdżających i opuszczających autostradę, a następnie system komputerowy oblicza stawki opłat uzależnione od ilości przejechanych kilometrów. W przypadku pojazdów nie posiadających transpondery, system automatycznie rozpoznaje tablice rejestracyjne. Comiesięczne rachunki są wysyłane do użytkowników autostrady.
Począwszy od marca 2006 koszt przejazdu przez trzy segmenty autostrady wynosi 15,04 NIS, za cztery segmenty 17,94 NIS i za pięć lub więcej segmentów 20,84 NIS. Cena jest uzależniona od wielkości pojazdu. Opłaty są niższe dla kierowców, którzy podpisują umowy z zarządem autostrady i instalują w swoich pojazdach transpondery lub wyrażają zgodę na umieszczenie swoich tablic rejestracyjnych w bazie danych.