W 2004 roku odbyła się fuzja z klubem FK Krasiłów dzięki czemu klub uzyskał możliwość występować w Pierwszej Lidze. Po fuzji klub przeniósł się do Chmielnickiego. W sezonie 2006/07 klub ukończył rundę jesienną oraz rozegrał 2 mecze rundy wiosennej. Później miejscowa władza odmówiła finansowania klubu, tak jak klub był prywatną własnością. Wtedy klub przeniósł się do Krasiłowa, zajął 18. miejsce i spadł do Drugiej Lihi. Jednak w następnym sezonie do rozgrywek w Drugiej Lidze przystąpił nowo utworzony Podilla-Chmelnyćkyj Chmielnicki. Klub Podillia Krasiłów ponownie przyjął nazwę FK Krasiłów i występuje w rozgrywkach amatorskich.
W kwietniu 2007 roku w Chmielnickim założono nowy klub Podilla-Chmelnyćkyj Chmielnicki, który 26 czerwca 2007 roku otrzymał status klubu profesjonalnego. Podilla Chmielnicki kontynuował występy na poziomie amatorskim, w 2010 zespół nawet zdobył mistrzostwo obwodu chmielnickiego. W 2014 klub startował w rozgrywkach Amatorskiej ligi.
Latem 2016 klub otrzymał licencję na grę w Drugiej LidzeШість аматорських колективів допущені до участі в Другій лізі - UA-Футбол.
Sukcesy 4 miejsce w Pierwszej Lidze (1 x): 1992
Trenerzy