W roku 1806 Norymberga została wcielona do Królestwa Bawarii. Jedną z głównych zmian władz bawarskich było wprowadzenie wolności wyznania, w wyniku czego w stolicy Frankonii nastąpił podział wyznaniowy, część świątyń (w tym Św. Sebalda i Św. Wawrzyńca) pozostały ewangelickie, natomiast kościół NMP odzyskał funkcję kościoła katolickiego, a ponadto założono przy nim parafię podlegającą biskupstwu bamberskiemu. Pierwsza msza święta miała miejsce w 1816. Wystrój kościoła został wzbogacony o dzieła (gł. późnogotyckie) pochodzące ze zburzonych norymberskich kościołów i klasztorów, który podczas II wojny światowej ewakuowano. W wyniku bombardowań Norymbergi przez siły alianckie kościół został bardzo zniszczony, jednakże w znacznym stopniu szczęśliwie ocalała część zachodnia. Trwająca etapami odbudowa i renowacja świątyni została zakończona w 1991 roku.
Architektura Kościół Najświętszej Marii Panny w Norymberdze zamyka od wschodu Rynek Główny (Hauptmarkt) usytuowany między rzeką Pegnitz i wzgórzem zamkowym.