8 października 2008 prezydent Heinz Fischer powierzył mu misję stworzenia nowego rządu. SPÖ rozpoczęła rozmowy na temat utworzenia kolejnej tzw. wielkiej koalicji z ÖVP. 23 listopada 2008 Werner Faymann oraz nowy lider ÖVP, Josef Pröll, podpisali porozumienie koalicyjne. Następnego dnia Werner Faymann przedstawił skład przyszłego gabinetu. Socjaldemokratom przypadły resorty spraw socjalnych, pracy, obrony, infrastruktury i zdrowia, ludowcy uzyskali dla swojego lidera urząd wicekanclerza i ministra finansów, a także resorty spraw wewnętrznych, spraw zagranicznych, sprawiedliwości, rolnictwa i gospodarki. Jednocześnie liderzy partii uzgodnili specjalny pakiet antykryzysowy, w ramach którego w ciągu dwóch lat przewidziano wydatki rzędu 1,9 miliarda euro na inwestycje infrastrukturalne oraz obniżkę podatków. 2 grudnia 2008 Werner Faymann wraz ze swoim gabinetem został zaprzysiężony przez prezydenta w pałacu Hofburg.
Koalicja funkcjonowała przez całą pięcioletnią kadencję. W wyborach parlamentarnych z 29 września 2013 oba ugrupowania rządzące zajęły dwa pierwsze miejsca, tracąc jednak po kilka mandatów. Werner Faymann z powodzeniem ubiegał się o poselską reelekcję.