Kierowała grantem „Polski słownik judaistyczny” (t.1 i 2, wyd. Warszawa 2003). W latach 2009–2018 kierowała Zakładem Varsavianistycznym w ŻIH (przemianowanym w 2013 na Pracownię Varsavianistyczną); uruchomiła Serię Prac Zakładu Varsavianistycznego w Żydowskim Instytucie Historycznym im. Emanuela Ringelbluma (subserie: Na bezdrożach modernizacji; Studia źródłoznawcze; Monografie; Studia i materiały).
Laureatka nagrody Instytutu Jad Waszem za osiągnięcia i całokształt pracy (1993).
Jej mężem był Rafał Żebrowski.
Publikacje Zofia Borzymińska jest redaktorem naukowym i merytorycznym oraz autorką i współautorką wielu publikacji, w tym książek:
2019: Non tolerandis...? Meandry obecności Żydów w Warszawie u schyłku I Rzeczypospolitej, t. 1: 1764-1788, t. 2: 1788-1795
2014: Odkrywanie żydowskiej Pragi. Studia i materiały, red. nauk. Z. Borzymińska