Taksonomia metanogenów, jak i innych prokariontów podlega badaniom i ulega przekształceniom. Jednym z roboczych systemów jest proponowany przez International Committee on Systematics of Prokaryotes z kwietnia 2008 r.: klasa Methanobacteria Boone 2002 (syn. Archaeobacteria Murray 1988) rząd Methanobacteriales rodzina Methanobacteriaceae rodzaj Methanobacterium rodzaj Methanobrevibacter rodzaj Methanosphaera rodzaj Methanothermobacter rodzina Methanothermaceae rodzaj Methanothermus nieokreślona rodzina rodzaj Methanolinea klasa Methanococci Boone 2002 (syn. Methanothermea Cavalier-Smith 2002) rząd Methanococcales rodzina Methanococcaceae rodzaj Methanococcus rodzaj Methanothermococcus rodzina Methanocaldococcaceae rodzaj Methanocaldoccocus rodzaj Methanotorris rząd Methanomicrobiales rodzina Methanomicrobiaceae rodzaj Methanomicrobium rodzaj Methanoculleus rodzaj Methanofollis rodzaj Methanogenium rodzaj Methanolacinia rodzina Methanoplanaceae rodzaj Methanoplanus rodzina Methanocorpusculaceae rodzaj Methanocorpusculum rodzaj Methanocalculus rodzina Methanospirillaceae rodzaj Methanospirillum rząd Methanosarcinales rodzina Methanosarcinaceae rodzaj Methanosarcina rodzaj Methanococcoides rodzaj Methanohalobium rodzaj Methanohalophilus rodzaj Methanolobus rodzaj