Poglądy i dokonania Pod wpływem Hegla Baur poświęcił się badaniom usiłującym ukazać dzieje wczesnego chrześcijaństwa z perspektywy nieustających konfliktów między judeochrześcijanami, chrześcijanami wywodzącymi się z pogaństwa i gnostykami. Baur widział wczesne chrześcijaństwo jako szereg współzawodniczących ze sobą sekt, z których każda miała własne poglądy i własne autorytety, i uważała siebie za prawowitą wersję religii Chrystusa, a jednocześnie oskarżała pozostałe sekty o błędy doktrynalne. Baur usiłował dowodzić, że listy Pawłowe (zwłaszcza) stanowią opozycję względem sekty marcjonitów i powinny być datowane na połowę II stulecia n.e. Argumentował, iż Ewangelia Łukasza i Dzieje Apostolskie stanowią próbę pogodzenia dwóch opozycyjnych nurtów chrześcijaństwa, z których jeden wywodził się od świętego Pawła, a drugi od świętego Piotra. Baur dowodził, że jedynymi autentycznymi pismami św. Pawła są List do Rzymian, List do Galatów oraz pierwszy i drugi list do Koryntian. Ewangelie Nowego Testamentu uważał za późniejsze i treściowo zależne od Ewangelii Piotra, Ewangelii Egipcjan, Ewangelii Ebionitów.