W sezonie 2003 Ganassi przeniósł swój zespół do Indy Racing League, a Junqueira dołączył do zespołu Newman/Haas Racing i zdobył dwa kolejne tytuły wicemistrzowskie. W 2005 roku miał bardzo dobry początek sezonu (trzecie miejsce i zwycięstwo), jednak wypadek podczas wyścigu Indianapolis 500 podczas którego odniósł kontuzję sprawił, że do końca sezonu nie wystartował już w żadnym wyścigu. Jego zastępcą został Oriol Servià i został wicemistrzem w tym sezonie.
W 2006 roku Junqueira ponownie wystartował w zespole Newman/Haas, jednak był to pierwszy sezon w którym nie odniósł zwycięstwa i ukończył rywalizację dopiero na piątym miejscu, kiedy jego kolega z zespołu Sébastien Bourdais po raz trzeci z rzędu zdobył tytuł mistrzowski. W 2007 roku na miejsce Brazylijczyka zespół Newman/Haas zatrudnił młodego Grahama Rahala, a Junqueira wystartował w zespole Dale Coyne Racing, który nie należał do czołówki serii Champ Car. Jednakże Junqueira zajmował regularnie wysokie miejsca (11 razy w pierwszej dziesiątce na 14 wyścigów w sezonie), trzykrotnie stawał na podium i ostatecznie zajął siódme miejsce w klasyfikacji sezonu.