Po dwóch latach studiów razem z Hatschekiem przeniósł się na Uniwersytet Wiedeński, gdzie w 1899 roku otrzymał dyplom ukończenia studiów.
Pracował w instytutach zoologicznych w Wiedniu i Trieście z Hatschekiem, następnie z Paulem Ehrlichem w Pruskim Instytucie Terapii Eksperymentalnej we Frankfurcie (1901), a później z Richardem von Hertwigiem w Monachium.
W 1903 przyjął zaproszenie Fritza Schaudinna, którego poznał w Trieście w 1901 roku, i został jego asystentem w sekcji zoologicznej Uniwersytetu Berlińskiego w Rovinj na półwyspie Istria.
Zajmował się epidemiami tyfusu w Serbii (1913) i Stambule (1914). Gdy Prowazek i brazylijski lekarz Henrique da Rocha Lima pracowali w szpitalu więziennym w Niemczech, obaj ulegli zarażeniu. Provazek wkrótce zmarł. Pochowany jest w rodzinnym grobowcu na cmentarzu w Kamenicy nad Lipou. Wspomnienia pośmiertne poświęcili mu LipschützLipschütz B. S. von Prowazek †. Wiener Klinische Wochenschrift 33, 1915, JosephJoseph H. Kriegsverluste unter den Naturforschern Deutschböhmens, I. St. v. Prowazek †. Lotos 63, ss. 68-70, 1915, JollosJollos V. Stanislaus v. Prowazek †. Biologisches Centralblatt 35 (8-9), ss. 337-341, 1915, HatschekHatschek B. Nachruf für Stanislaus v. Prowazek. Verhandlungen der Zoologisch-Botanischen Gesellschaft in Wien 65, ss. 65-70, 1916, HalberstaedterHalberstaedter L. V.