Spór między przywódcami zakończył się 14 września, kiedy pułkownik Joseph Mobutu, poparty przez prezydenta, obalił premiera w wojskowym zamachu stanu.
Zwolennicy premiera proklamowali w Stanleyville rząd Ludowej Republiki Konga (uznany przez blok wschodni i niektóre kraje kontynentu), głoszący hasła socjalistyczne. Lumumba został schwytany przez wojska Tshombego i zabity w styczniu 1961 roku. W lutym 1961 roku Mobutu przekazał rzeczywistą władzę prezydentowi Kasavubu. Rząd Kasavubu doprowadził w 1962 roku do rozbicia rządu Ludowej Republiki Konga. Do 1963 roku, z pomocą ONZ, Belgii i Stanów Zjednoczonych, zlikwidował siły secesjonistów w Katandze. Dzięki działaniom militarnym i dyplomatycznym czasowo przywrócono jedność terytorialną.
W październiku 1963 roku lumumbiści powołali w Brazzaville Narodowy Komitet Wyzwolenia. Lumumbiści wykorzystali to, że w czerwcu 1964 roku siły ONZ wycofały się z kraju i wywołali antyrządowe powstanie. Wierne im oddziały przejęły kontrolę nad połową państwa. Na czele lewicowej rebelii stanął popierany przez Chiny Christopher Gbenye. Na wschodzie kraju z kolei działało zgrupowanie partyzanckie Laurenta-Désiré Kabili, którego wsparła setka kubańskich żołnierzy dowodzonych przez Che Guevarę.