13 lipca 1942 roku van Pelsowie dołączyli do rodziny Franków ukrywającej się na poddaszu biura, w którym pracował Otto i Hermann.
Dziennik Anny Frank opisuje 2 lata, które obie rodziny oraz Fritz Pfeffer spędzili w ukryciu. Anne opisała wielokrotne kłótnie pomiędzy Augustą i Hermannem oraz trudny charakter pani van Pels.
4 sierpnia 1944 Auguste, jej mąż Hermann, syn Peter, rodzina Franków i Fritz Pfeffer zostali aresztowani i osadzeni w więzieniu w Amsterdamie. 8 sierpnia cała ósemka została przeniesiona do obozu przejściowego Westerbork i umieszczona w barakach karnych. 3 września Auguste wraz z pozostałą siódemką zostali wybrani do transportu do Auschwitz-Birkenau, gdzie ostatni raz widziała męża i syna.
Auguste została umieszczona w obozie dla kobiet. Pozostała tam do 26 listopada, kiedy to została przewieziona do obozu koncentracyjnego Bergen-Belsen. Tam ponownie spotkała Margot i Anne Frank. 6 lutego 1945 Auguste została wybrana do ciężkich prac we wschodnich Niemczech. 8 kwietnia obóz, w którym pracowała, został zlikwidowany, zaś więźniowie zmuszeni do marszu do Theresienstadt na terytorium Czechosłowacji.