Członków kolegium powołuje w drodze konkursu Prezes Rady Ministrów, na wniosek prezesa izby, z tymże połowę składu kolegium stanowią zawsze członkowie powołani spośród kandydatów zgłoszonych przez organy stanowiące jednostek samorządu terytorialnego.
Członkostwo w kolegium izby może mieć charakter etatowy lub pozaetatowy, o czym stanowi Prezes Rady Ministrów, na wniosek prezesa izby. W pierwszym przypadku członka kolegium powołuje się na czas nieokreślony, natomiast pozaetatowego członka kolegium powołuje się na 6-letnią kadencję. Ustawa gwarantuje członkom kolegium w zakresie realizacji zadań nadzorczych i funkcji kontrolnych niezawisłość i podleganie jedynie ustawom.
Do wyłącznej właściwości kolegium izby należy ustalanie budżetu jednostki samorządu terytorialnego w przypadku, gdy nie dokona ona tego w wymaganym terminie oraz orzekanie o nieważności uchwał i zarządzeń, do których badania w trybie nadzoru izba jest zobowiązana.