Struktura RIO Izby są kolegialne i mają swoje organy. Na czele każdej izby stoi prezes. Jest on powoływany w drodze konkursu przez Prezesa Rady Ministrów na wniosek Ministra Spraw Wewnętrznych i Administracji. Swoim wykształceniem i doświadczeniem zawodowym prezes musi dawać rękojmię prawidłowego wywiązywania się z nałożonych na niego obowiązków. W związku z tym, wśród warunków, jakie ustawa stawia kandydatom na to stanowisko, wymienia się ukończenie magisterskich wyższych studiów prawniczych, administracyjnych, ekonomicznych lub posiadanie stopnia naukowego w jednej z tych dziedzin wiedzy oraz posiadanie co najmniej czteroletniego stażu pracy w jednostkach związanych z funkcjonowaniem samorządu terytorialnego lub finansów publicznych. Kadencja prezesa izby trwa 6 lat.
Prezes zasadniczo kieruje pracami izby.