Po rozpadzie Jugosławii Pod koniec lat 90. XX wieku grupa 30 wyznawców pochodzenia serbskiego i albańskiego spotykała się w domu współwyznawcy w Prisztinie. W roku 1998 grupa ta wynajęła obiekt, w którym urządzono Salę Królestwa. Wiosną następnego roku nasiliły się konflikty narodowościowe i doszło do starć na skutek których wiele osób musiało uciekać do sąsiednich krajów. Rok później wśród Albańczyków, szukających schronienia w Albanii, znalazło się 14 kosowskich Świadków Jehowy z ośmiorgiem dzieci. Albańscy współwyznawcy pomogli im przetrwać najtrudniejszy okres.
W 2000 roku nadzór nad działalnością kosowskich głosicieli przejęło albańskie Biuro Oddziału (do tego roku nadzorowało biuro w Belgradzie). 20 maja 2003 zalegalizowano działalność 90 kosowskich głosicieli i przyjęto statut ich organizacji. Wiosną w Prisztinie zorganizowano jednodniowe zgromadzenie specjalne, na którym było 252 obecnych. Znalazły się wśród nich osoby pochodzenia albańskiego, romskiego, niemieckiego, serbskiego i włoskiego. 3 osoby zostały ochrzczone.
W 2005 roku w Kosowie działało 137 głosicieli, należących do 4 zborów i 6 grup. Dwa lata później zanotowano liczbę 155 głosicieli, a na uroczystości Pamiątki zebrało się 536 osób.