Bezpośrednio po wybuchu II wojny światowej przyjęto 879 uchodźców żydowskich z Europy, pod warunkiem, że osiedlą się w południowej części kraju cechującej się surowym klimatem. Kolejna fala Żydów przybyła do Chile po klęsce rewolucji węgierskiej w 1956 roku. W 1956 roku utworzono Wydział Studiów Żydowskich Uniwersytetu w Santiago. Wielu Żydów pełniło funkcje ministerialne w gabinecie Salwadora Allende Gossensa, z drugiej strony jednak wielu żydowskich przedsiębiorców i przedstawicieli inteligencji musiało opuścić coraz bardziej niestabilny politycznie i gospodarczo kraj. W czasie przewrotu 11 września 1973 roku bombardowaniem pałacu La Moneda dowodził José Berdichevsky Scher – z pochodzenia rosyjski Żyd. Wielu Żydów, którzy opuścili kraj w okresie rządów Salwadora Allende Gossensa, wróciło po objęciu władzy w Chile przez wojskową juntę kierowaną przez Augusto Pinocheta. W gabinecie Pinocheta zasiadało wielu Żydów; byli oni też wśród funkcjonariuszy DINA i innych organów aparatu represji. Pinochet zdobył poparcie społeczności żydowskiej kraju swym poparciem dla państwa Izrael. Żydzi byli też wśród działaczy opozycji (Tomás Hirsch).