Po wybuchu II wojny światowej i agresji ZSRR na Polskę na terenach wschodnich II Rzeczypospolitej został aresztowany przez Sowietów. Był przetrzymywany w obozie w Kozielsku. Na wiosnę 1940 został zabrany do Katynia i rozstrzelany przez funkcjonariuszy Obwodowego Zarządu NKWD w Smoleńsku oraz pracowników NKWD przybyłych z Moskwy na mocy decyzji Biura Politycznego KC WKP(b) z 5 marca 1940. Jest pochowany na terenie obecnego Polskiego Cmentarza Wojennego w Katyniu, gdzie w 1943 jego ciało zostało zidentyfikowane w toku ekshumacji prowadzonych przez Niemców pod numerem 3638 (przy zwłokach zostały odnalezione legitymacja oficerska, legitymacja z odznaczeniami, legitymacja urzędnicza, zaświadczenie o chorobie, pismo wojskowe, okulary).
Był żonaty i miał dwoje dzieci. Jego brat Stefan (1890–1940) także był jeńcem w Kozielsku i został również ofiarą zbrodni katyńskiej.
Upamiętnienie Jan Krudowski został upamiętniony wraz z innymi oficerami Wojska Polskiego na tablicy upamiętniającej ofiary zbrodni katyńskiej związane z Tarnowem, odsłoniętej w 1988 w kościele Świętego Krzyża i Świętego Filipa Neri w Tarnowie (prócz niego uhonorowany został m.in.