Działalność na polu edukacji i polityki W 1646 roku zaproszono go do głoszenia kazań przed Parlamentem, a następnie do służby państwowej. Piastował urząd dziekana kolegium Christ Church, a następnie wicekanclerza Oksfordu, doprowadzając podupadły wówczas uniwersytet do stanu świetności.
Z racji swych zdolności Owen był często wzywany przez Parlament i Cromwella do Londynu na konsultacje w sprawach religijnych i państwowych. Pomimo tak wielkiego obciążenia licznymi obowiązkami, znajdował czas na pisanie licznych dzieł. W tym niezwykle pracowitym okresie powstały jego trzy krótkie traktaty, która nadal cieszą się dużą popularnością: O umartwianiu grzechu, O pokuszeniu oraz O społeczności z Bogiem.
Po restauracji Stuartów Owen cieszył się szacunkiem wielu wysoko postawionych osobistości i to tłumaczy fakt, iż po restauracji Stuartów, w okresie prześladowań purytan miał nieco większą swobodę niż inni kaznodzieje-nonkonformiści.
Nigdy jednak nie przestawał zabiegać słowem i piórem o swobody wyznaniowe dla dysydentów. Zabiegał osobiście m.in. o uwolnienie Bunyana, z którym się zaprzyjaźnił i na którego kazania sam uczęszczał.