W 2001 roku Amerykanin przeszedł do San Jose Earthquakes. Dwa razy zdobył z nim mistrzostwo kraju. W 2001 roku został wybrany najlepszym obrońcą sezonu i po raz trzeci w karierze trafił do najlepszej jedenastki ligowych rozgrywek. W 2005 roku Agoos odszedł do MetroStars, gdzie 8 grudnia zakończył karierę.
Kariera reprezentacyjna W reprezentacji Stanów Zjednoczonych Agoos zadebiutował 10 stycznia 1988 roku w przegranym 0:1 pojedynku z Gwatemalą. Po rozegraniu trzech meczów w drużynie narodowej wypadł z kadry na niemal trzy lata. Do reprezentacji powrócił 2 lutego 1991 roku na spotkanie przeciwko Szwajcarii. Pięćdziesiąty występ w kadrze Agoos zaliczył 16 stycznia 1996 roku, kiedy to przeciwnikiem drużyny USA był Salwador.
W 1998 roku Steve Sampson powołał piłkarza do 22-osobowej kadry Stanów Zjednoczonych na mistrzostwa świata. Na mundialu tym Amerykanie zajęli ostatnie miejsce w swojej grupie, natomiast sam Agoos pełnił rolę rezerwowego i nie wystąpił w żadnym z pojedynków. 3 czerwca 2000 roku absolwent University of Virginia rozegrał setny mecz w kadrze (zwycięstwo 4:0 z RPA). W 2002 roku amerykański zawodnik został powołany przez Bruce’a Arenę na Mistrzostwa Świata w Korei Połudnoiwej i Japonii. Na turnieju w Azji reprezentacja USA dotarła do ćwierćfinału, w którym przegrała 0:1 z Niemcami.