W 2001 na kanale ABC zaczął prowadzić program o rozmaitościach pt. The Wayne Brady Show, który jednak nie odniósł dużego sukcesu. Rok później został prowadzącym talk show pod tym samym tytułem, który trwał dwa sezony i zdobył cztery Daytime Emmy Award. Wystąpił gościnnie w serialu komediowym The Drew Carey Show w odcinkach Drew Live (1999) i Drew Live II (2000), gdzie zagrał z innymi bohaterami w kilku grach pochodzących z programu Whose Line.
W 2004 wystąpił w odnowionym musicalu Chicago, gdzie zagrał prawnika o imieniu Billy Flynn. Przyjął również w 2004 krótką rolę w ostatnim odcinku komedii Reno911!. Grał również w serialu Gwiezdne wrota, w którym wcielił się w postać Trelaka – pierwszego przybocznego goa’ulda Aresa.
Brady napisał i zaśpiewał piosenkę do popularnego serialu animowanego Disneya pt. The Weekenders. W 2005 zaśpiewał cover disnejowskiej piosenki Jima Brickmana Beautiful i jej świąteczną wersję„Beautiful” from The Disney Songbook album by Jim Brickman and Disney’s Cinderella [Special Edition] soundtrack. „Beautiful” (Christmas version) from Disney’s Princess Christmas Album..