Juli 1934. uprawnił morderstwa popełnione w trakcie czystki. Ustawa nie wywołała żadnego sprzeciwu w Reichstagu. Gürtner wyciszył rozpoczęte przez lokalnych prokuratorów postępowania przeciw uczestnikom morderstw.
W czasie swojej kadencji Gürtner naprzemiennie chronił reżim nazistowski bądź protestował przeciw jego postępowaniu. Do końca roku 1935 było już oczywiste, że ani Gürtner, ani Frick nie byliby w stanie ograniczyć potęgi Gestapo ani kontrolować prowadzonych przez SS obozów koncentracyjnych, gdzie przetrzymywano bez wyroku sądowego tysiące aresztowanych. W trakcie II wojny światowej niewielkie znaczenie Ministerstwa Sprawiedliwości zostało jeszcze bardziej ograniczone. Coraz częściej postępowania przeciw rzekomym przestępcom prowadziły Gestapo i SA, bez odwoływania się do żadnych sądów ani aktów prawnych. Zastrzeżenia Gürtnera, który był głęboko poruszony samowolą policji bezpieczeństwa w wymierzaniu sprawiedliwości więźniom obozów koncentracyjnych, zostały odrzucone przez Hitlera.