Jako minister sprawiedliwości kontrasygnował wraz z kanclerzem Adolfem Hitlerem i ministrem spraw wewnętrznych Frickiem rozporządzenie z dnia 28 lutego 1933 r. prezydenta Rzeszy von Hindenburga „O ochronie narodu i państwa”, zawieszające konstytucyjne prawa wolności i własności obywateli i rozszerzające katalog przestępstw, za które wymierzano karę śmierci. To rozporządzenie przygotowało konstytucyjne podstawy państwa nazistowskiego.

Na początku Gürtner starał się ochronić niezależność sądownictwa oraz chociaż część norm prawnych, mogących stanowić barierę dla despotycznego, bezwzględnego i brutalnego postępowania SA, które latem 1933 roku uwikłało się w konflikt z policją i organami administracji państwa. Niewłaściwe traktowanie więźniów obozów koncentracyjnych w Wuppertalu, Bredow i w Hohnstein (w Saksonii), znajdujących się pod kontrolą lokalnych przywódców SA, spotkało się z ostrym protestem ministra sprawiedliwości. Gürtner dowiedziawszy się o nagminnych przypadkach bicia więźniów do nieprzytomności za pomocą biczów i tępych narzędzi, stwierdził, że takie traktowanie więźniów „zdradza przejawy brutalności i okrucieństwa i jest całkowicie obce niemieckiej mentalności i uczuciom.