W tej części murów została też zbudowana Czerwona Wieża, twierdza stojąca niedaleko wejścia do portu.

Cytadela, nazywana także Zamkiem Wewnętrznym, umieszczona jest w południowo-zachodniej, najwyższej części cypla na wysokości około 250 m n.p.m. Większość znajdujących się w jej obrębie budynków była budowana wzdłuż murów, tylko w zachodniej części twierdzy (mury wzdłuż urwiska) brak jest zabudowań wzdłuż umocnień. Sądzi się, że większość budynków miała przeznaczenie wojskowe (koszary, magazyny itp.). Jednym z nielicznych zabudowań niegraniczących z murami jest chrześcijański kościół wybudowany za czasów Bizancjum (X wiek). W zamku zachowały się także w dobrym stanie zbiorniki na wodę deszczową zbudowane za czasów Keykubada, które mogły być wykorzystane podczas długotrwałego oblężenia. Ostatnie prace wykopaliskowe na terenie cytadeli ukazały ruiny, które interpretowane są przez archeologów jako pozostałości po pałacu Alaeddina Keykubada. Na terenie zamku, po zewnętrznej stronie murów formujących cytadelę znajdują się także meczet i karawanseraj zbudowane przez Sulejmana Wspaniałego.