Jako własność Biblioteki Krasińskich zabytek przetrwał do 1944, kiedy to zbiory biblioteki, znajdujące się wówczas w Warszawie przy ulicy Okólnik 9, zostały celowo podpalone przez hitlerowskiego okupanta. Uznano, że Kras 52 spłonął wraz z tymi zbiorami. Jednak w 1948 rękopis został ponownie odkryty przypadkiem w monachijskiej Bayerische Staatsbibliothek przez Karola Estreichera, który zauważył znajomą oprawę woluminu przenoszonego przez niemieckiego bibliotekarza. Być może dokument został w czasie wojny wywieziony do Rzeszy przez muzykologa Wolfganga Boettichera. Zidentyfikowany rękopis wrócił do Polski.
W okresie międzywojennym i po 1945 rękopisowi poświęciło rozprawy wielu czołowych muzykologów (m.in. Henryk Opieński, Zdzisław Jachimecki, Adolf Chybiński, Maria Szczepańska). Współcześnie badania nad rękopisem prowadzili Mirosław Perz i Elżbieta Zwolińska.