Naturalne zakwaszanie wód Zakwaszanie wód może mieć także charakter naturalny. Zachodzi ono w zbiornikach o wodzie miękkiej (zawierającej mało jonów wapnia i magnezu), w których zlewni powstaje dużo kwaśnych substancji humusowych. Dotyczy to jezior lobeliowych i humotroficznych na wczesnym etapie, których sukcesja określana jako dystrofizacja prowadzi do przekształcenia w kwaśne jeziora polihumusowe. Również zlewnie porośnięte przez lasy iglaste mogą wprowadzać poprzez spływ powierzchniowy substancje humusowe wpływając na dystrofizację zbiorników – najczęściej niewielkich rozmiarów i bezodpływowych.
Zakwaszanie oceanu Zwiększanie kwasowości zaobserwowano także w wodach oceanicznych, prawdopodobnie jako skutek absorbowania zwiększonych ilości dwutlenku węgla tworzącego kwas węglowy. Zakwaszanie oceanu wynika przede wszystkim ze zwiększenia koncentracji dwutlenku węgla w atmosferze a w rezultacie – nasilonego rozpuszczania się tego gazu w wodzie morskiej. Zjawisko może być wzmacniane przez występowanie kwaśnych deszczów lub spływ nawozów. Obecne zakwaszanie oceanu jest efektem działalności człowieka, jednak w historii Ziemi zdarzały się epizody zakwaszania wynikającego z przyczyn naturalnych.