1 sierpnia 2005 roku ruszyły prace budowlane na terenie istniejącego budynku Baja Pomorskiego. Głównym Inwestorem był Urząd Miasta Torunia, wykonawcą – Toruńska Firma Budtech. Teatr Baj Pomorski jako użytkownik uczestniczył w fazie projektowej i wykonawczej w roli konsultanta, co przyczyniło się do sprawnej realizacji projektu. Teatr uzyskał grunty przylegające do dotychczasowej siedziby, dzięki czemu powierzchnia terenu zwiększyła się z 4288 m² na 8624 m². Powierzchnia użytkowa teatru wzrosła niemal dwukrotnie, do 4032 m².
Remont i modernizacja zmieniły bryłę dotychczasowego budynku Baja Pomorskiego. Oprócz nowej fasady, teatr zyskał przeszklone, szerokie foyer z kominkiem, bufetem i pięknym widokiem na Starówkę, nowe wejście od strony fosy zamkowej w postaci małej szafy, szerokie klatki schodowe, w tym jedna z windą dla osób niepełnosprawnych, salę konferencyjną, trzy przestronne garderoby, kawiarnię. Całkowicie zmieniony został układ pomieszczeń biurowych. Nowa część teatru powstała na tyłach głównego budynku. Znalazły się w niej nowoczesne pracownie teatralne (plastyczne, krawieckie, konstruktorskie, stolarnia), pokoje gościnne, magazyny dekoracji lekkich i ciężkich, kostiumernia, pralnia z suszarnią.