Ważną zmianą tego czasu było przekształcenie Teatru w instytucję miejską finansowaną przez Urząd Miasta Torunia i zmiana nazwy teatru z Państwowego Teatru Lalki i Aktora Baj Pomorski na Teatr Baj Pomorski.
Po 1990 Dalszy rozwój Baja Pomorskiego nastąpił w okresie dyrekcji Cz. Sieńko. Przypadła ona na czas stabilizacji demokracji w Polsce, zmian strukturalnych w systemie władzy oraz przemian ekonomicznych, społecznych i kulturalnych. Do repertuaru weszły inscenizacje dotąd nieobecnych najciekawszych powieści dla dzieci i młodzieży, Teatr podjął pierwsze kroki, aby promować nową europejską literaturę dla dzieci, nowatorskie propozycje scenograficzne uczyły odbioru opartego na współuczestnictwie w przedstawieniu, po raz pierwszy w historii Baja Pomorskiego spektakle otrzymały tak wiele nagród i wyróżnień. W 1994 roku Sieńko powołał Toruńskie Spotkania Teatrów Lalek. W 1999 roku przekształciły się one w Międzynarodowe Toruńskie Spotkania Teatrów Lalek i do dziś stanowią jeden z największych festiwali sztuki animacji w Polsce. Festiwal odbywa się rokrocznie w październiku. W ciągu tygodnia konkursowych konfrontacji prezentowane są teatry z całego świata, mistrzowie lalkarstwa, twórcy kultywujący tradycję teatru lalkowego, zespoły poszukujące i eksperymentujące w materii szeroko rozumianego teatru animacji.