W tamtym czasie oznaczało to z jednej strony stabilizację finansową instytucji, z drugiej jednak kres pewnej swobody twórczej charakterystycznej dla pionierskich działań – odtąd bowiem konsekwentnie trzeba było przestrzegać obowiązujących w polityce kulturalnej reguł w doborze sztuk i planowaniu.
1960–1990 Czasy artystycznego dojrzewania Baja Pomorskiego przypadły na lata 50. XX w. Ówczesny dyrektor, Stanisław Stapf, przyczynił się do modernizacji Teatru, tak iż stał się jedną z najlepiej wyposażonych scen w Polsce, zrealizował pierwszą w dziejach tej sceny premierę dla dorosłych – była to polska prapremiera lalkowa Snu nocy letniej Williama Szekspira, powołał w Toruniu Festiwal Teatrów Lalek Polski Północnej, pierwszą tego typu imprezę na Pomorzu.
Lata 60. i dyrekcja Leszka Śmigielskiego przyniosły zmianę profilu Baja Pomorskiego z tradycyjnej sceny lalkowej na teatr poszukujący nowych form wyrazu i otwarty na życie artystyczne Torunia. Właśnie w tym okresie zrealizowano najwięcej prapremier w dziejach Teatru, powstały ambitne spektakle inspirowane tradycją teatru ludowego i nowatorskie inscenizacje współczesnych tekstów autorstwa regionalnych pisarzy.