Latem książę Achai zgodził się na przekazanie w ręce bizantyńskie twierdz Monemwazji, którą zdobył 13 lat wcześniej, okręgu Mani i Mistry, które przedtem sam fortyfikował. Złożył również cesarzowi hołd lenny.
Po powrocie z niewoli, zwolniony przez papieża Urbana IV z przysięgi złożonej pod przymusem ponownie opowiedział się po stronie przeciwników cesarza. Michał VIII wysłał wówczas do Morei armię, w której znajdowało się 5 tysięcy najemników seldżuckich. Po serii zwycięstw kampania bizantyńska utknęła z powodu braku pieniędzy na wypłatę żołdu. Seldżucy przeszli na stronę łacinników. Wilhelm zadał wojskom cesarskim dotkliwą porażkę pod Makry Plagi (1264) i armia cesarska została zmuszona do odwrotu i opuszczenia półwyspu.
Zagrożony przez Bizantyńczyków, którzy kontrolowali, poprzez trzy oddane im twierdze, południowo-wschodnią część półwyspu, Wilhelm z radością powitał objęcie tronu Sycylii w 1266 roku przez Karola Andegaweńskiego. 27 maja 1267 roku Karol Andegaweński zawarł w Viterbo pakt przyjaźni z wygnanym z Konstantynopola Baldwinem II, podpisując umowę o podziale państwa bizantyńskiego. Wilhelm II był wówczas w Viterbo i poddał Karolowi swoje państwo. Swoją córkę i dziedziczkę Izabelę wydał za syna Karola, Filipa.