Szczególnie brutalną praktyką były tzw. noyades, czyli praktyka umieszczania obnażonych i związanych cywilów na barkach, które następnie wyprowadzano na środek Loary i zatapiano wraz z uwięzionymi. Jako dodatkową formę rozrywki oraz ośmieszenia katolickiego sakramentu małżeństwa praktykowano „małżeństwa republikańskie” (fr. mariage républicain), które polegały na wiązaniu ze sobą osób przeciwnej płci – np. młodej kobiety z młodym mężczyzną lub księdza z zakonnicą. W ten sposób zamordowano około 2000 osób.
Carrier szeroko propagował stosowane przez siebie metody jako najlepszy sposób walki z kontrrewolucją, denuncjując mniej brutalnych w działaniu komisarzy jako moderantystów. Początkowo Komitet Ocalenia Publicznego nakazał jednak zostawić go na stanowisku, chociaż inni komisarze, głównie Julien, głośno apelowali o jego odwołanie. Tymczasem Carrier, pogrążony coraz bardziej w alkoholizmie i najprawdopodobniej cierpiący z powodu zaburzeń psychicznych, nieoczekiwanie uwolnił 132 aresztowanych arystokratów i poprosił o nowe stanowisko w Paryżu. Prośbę tę spełniono, czyniąc Carriera sekretarzem Konwentu.