Latem 2002 Nuno wrócił do Portugalii. Został piłkarzem FC Porto, które zapłaciło za niego 3 miliony euro. Pełnił rolę rezerwowego dla Vítora Baí. W 2003 i 2004 roku jako jego dubler wywalczył mistrzostwo Portugalii, zdobył także kolejno Puchar UEFA oraz Puchar Mistrzów.
W 2005 roku Nuno wyjechał do rosyjskiego Dynama Moskwa. 6 sierpnia zadebiutował w Premjer-Lidze w wygranym 1:0 wyjazdowym meczu z Saturnem Ramienskoje. W Dinamie był jednym z kilku Portugalczyków obok Jorge Ribeiro, Frechauta, Maniche’a, Costinhi, Luisa Loureiro oraz Cícero. W 2006 roku przegrał jednak rywalizację z Žydrūnasem Karčemarskasem i Siergiejem Owczinnikowem, toteż latem odszedł z zespołu.
Nuno wrócił do Portugalii. Przez pół roku występował w drużynie Desportivo Aves, z którą na koniec sezonu spadł z ligi. Następnie ponownie został zawodnikiem Porto, gdzie był dublerem Brazylijczyka Heltona. W 2010 roku zakończył karierę.
Kariera reprezentacyjna W 2008 roku Nuno został powołany przez Luiza Felipe Scolariego do kadry na Euro 2008, gdy na dzień przed spotkaniem z Turcją kontuzji doznał drugi bramkarz zespołu, Quim.