W 1997 roku ustanowiono, że medal złoty przyznany w 1993 roku Ojcu Świętemu Janowi Pawłowi II, będzie jedynym Złotym Medalem „Cracoviae Merenti” przyznanym osobie. Od tego momentu otrzymują go tylko organizacje lub instytucje szczególnie zasłużone dla Stołecznego Królewskiego Miasta Krakowa. Od 1998 roku medal posiada trzy klasy: złoty, srebrny i brązowy. Zmieniono także przepis dotyczący liczby przyznawanych medali: 1 złoty, 3 srebrne i 6 brązowych w okresie kadencji Rady Miasta. Liczba przyznawanych medali może się zmienić po uchwaleniu osobnej uchwały np. w kadencji 1998–2002 z uwagi na przypadające jubileusze Rada Miasta Krakowa zdecydowała o przyznaniu 2 medali złotych. Podobne decyzje zapadły także w innych kadencjach. W 2006 roku ustalono, że do Komisji Medalu oprócz prezydenta miasta wchodzić będą metropolita krakowski i rektor Uniwersytetu Jagiellońskiego. Od 2025 roku w Komisji Medalu zasiadają prezydent miasta, rektor Uniwersytetu Jagiellońskiego oraz dyrektor Muzeum Narodowego w Krakowie.