Czas przemian ustrojowych jest dla klubu prawdziwym wyzwaniem. Co prawda udaje się zorganizować huczne obchody stulecia klubu w roku 1993, ale w tym właśnie okresie Krakowski Klub Szachistów przechodzi najpoważniejszy w historii kryzys i o mało nie dochodzi do jego rozwiązania. Klub musi opuścić najpierw Pałac pod Baranami, a później kolejną siedzibę w kamienicy na Rynku Głównym 25 i jego działalność jest ograniczona wyłącznie do startów w lidze okręgowej.
Sytuację zmienia dopiero rok 2001, kiedy to po ponad stuletniej tułaczce klub uzyskuje niewielki lokal przy ul. Prądnickiej 43. Do drużyny przychodzą znaczący zawodnicy, a od 2002 roku klub rozpoczyna szkolenie juniorów (aktualnie KKSz szkoli ok. 500 juniorów). Obecnie zarówno seniorzy, jak i juniorzy są czołową drużyną w Małopolsce, czego potwierdzeniem są występy w II lidze (seniorzy 2004–2009, juniorzy 2008–2010) i awans drużyny juniorów do 1 ligi szachowej w roku 2010.
Obok wzmożonej działalności sportowej i szkoleniowej klub organizuje duże imprezy przeznaczone dla juniorów. Sztandarowymi imprezami są Otwarte Mistrzostwa KKSz juniorów (przełom lutego i marca), Ogólnopolski Turniej o laur arcymistrza Bogdana Śliwy (maj) oraz Turniej Juniorów „Mistrzowie 2010” (październik).