Podczas wojny o niepodległość w dniu 22 maja 1948 kibuc został zaatakowany przez egipskie i jordańskie wojska. W wyniku bitwy o Ramat Rachel kibuc został całkowicie zniszczony, Izraelczycy zdołali jednak obronić południowe przedpole Jerozolimy. Po wojnie kibuc był od wschodu, południa i zachodu otoczony przez linię graniczną Transjordanii. Kolejne lata były niezwykle trudne. W kibucu mieszkało niewielu członków, brak było finansów, a osada cierpiała na niedobór ziemi rolnej oraz wody. Pomimo tych trudności kibuc został odbudowany.
W dniu 23 września 1956 w kibucu doszło do tragicznego wypadku. Jordański żołnierz otworzył ogień do uczestników konferencji archeologicznej w Ramat Rachel. Zginęły cztery osoby, a siedemnaście zostało rannych. Władze jordańskie po przeprowadzeniu dochodzenia ogłosiły, że żołnierz był niezrównoważony psychicznie. Na początku wojny sześciodniowej w dniu 5 czerwca 1967 jordańska artyleria rozpoczęła trzydniowy ostrzał kibucu Ramat Rachel, powodując poważne straty materialne. W następnych dniach wojska izraelskie usunęły zagrożenie. Po wojnie przystąpiono do kolejnej odbudowy kibucu. W latach 70. osiedliła się tutaj grupa młodych pionierów (Gar'inei Nachal), którzy przyczynili się do dalszego rozwoju kibucu.