W 1939 był wysiedlony z Poznania, więc przeniósł się do Warszawy i do sierpnia 1944 wykładał w Szkole Handlowej profesora Edwarda Lipińskiego.
Kiedy upadło powstanie warszawskie, Peretiatkowicz wyjechał do Piotrkowa Trybunalskiego i tam na tajnych kompletach uniwersyteckich wykładał prawo administracyjne. Do Poznania powrócił w marcu 1945 i na UP objął Katedrę Prawa Państwowego, wykładając równocześnie do 1951 w Akademii Handlowej. Na Sejmie PRL I kadencji był konsultantem Komisji Spraw Ustawodawczych oraz członkiem licznych instytutów naukowych. W Poznaniu piastował również godność prezesa Towarzystwa Przyjaźni Polsko-Francuskiej i należał do działaczy Stronnictwa DemokratycznegoPrzewodniczący Komitetu Miejskiego w Poznaniu oraz kierownik koła nauczycielskiego SD. Zmarł 18 grudnia 1956 w Poznaniu i został pochowany na cmentarzu Górczyńskim(kwatera ILb-4-9)Antoni Peretiatkowicz – miejsce pochówku. 240px|thumb|Grób prof. Antoniego Peretiatkowicza na cmentarzu Górczyńskim Od 1929 żonaty z Oleńką Marią Antoniną z Łebińskich, pozostawił córkę Elżbietę (ur. 1934), sędziego, oraz syna Erazma (ur. 1936, zm. 2019), doktora inżyniera, technologa drewna.