Do Poznania powrócił w marcu 1945.
Od 1947 członek czynny Polskiej Akademii Umiejętności i z końcem roku przeniesiony na emeryturę. W latach 1952–1956 pracował w Poznaniu jako kierownik działu dokumentacji wydawnictw w Instytucie Przemysłowym Włókien Łykowych. Z dniem 1 stycznia 1957 reaktywowany na stanowisko profesora przy Katedrze Fizjologii Roślin Wyższej Szkoły Rolniczej. Zmarł w Poznaniu 20 stycznia 1961 i został pochowany na cmentarzu parafialnym św. Jana Vianneya w Poznaniu (kw. św. Barbary-rząd 23-grób 8). mały|grób prof. Bronisława Niklewskiego na cmentarzu Sołackim Żonaty z Karoliną Hegeduss, pozostawił dzieci: Mariana (ur. 1909), prof. WSR w Szczecinie, Bronisława (ur. 1913), Zofię, zamężną Gumińską (ur. 1917), docenta Uniwersytetu Wrocławskiego i Krystynę (ur. 1921).
Jego dorobek naukowy obejmuje 137 publikacji, a wśród nich pierwszy w języku polskim podręcznik fizjologii roślin podręcznik „Jak nawozić glebę” (6 wydań) i monografię Obornik. W wyższych uczelniach całej Polski wielu jego uczniów i asystentów objęło katedry.
Był odznaczony m.in.