Sytuacja uległa drastycznej zmianie we wrześniu 1939 roku, gdy w wyniku radzieckiej agresji nowa władza skonfiskowała szkołę, przekształcając ją w sowiecką „dziesięciolatkę”. Niektóre z sióstr zatrudniły się tam jako sprzątaczki, aby móc przebywać na terenie swojej dawnej własności. Wkrótce potem zakonnice zostały wysiedlone także z domu mieszkalnego (pozostawiono im jedynie zabudowania gospodarcze), a wiosną 1940 roku odebrano im resztę mienia, co zmusiło je do zamieszkania w prywatnych domach mieszkańców Nowogródka.
Podczas pierwszych niemieckich nalotów 28 czerwca 1941 roku bomby spadły obok szkoły, wyrządzając jedynie niewielkie szkody. Po wkroczeniu wojsk niemieckich siostry mogły powrócić do swojego dawnego klasztoru, jednak w samej szkole zakwaterowali się żołnierze niemieccy, a później miejscowi kolaboranci. Ci ostatni ostatecznie usunęli nazaretanki z klasztoru, nakazując im przenieść się do nieogrzewanego, pustego domu pożydowskiego przy tej samej ulicy 3 Maja, gdzie z własnych zabudowań pozostał im jedynie dziedziniec gospodarczy z dawną pralnią.