Inni zostali wywiezieni do prac przymusowych w Bawarii, a co najmniej 4 osoby do obozów koncentracyjnych (w styczniu 1942 roku w Auschwitz znalazł się Jan Kupljen, w lipcu Anton Papesch, a we wrześniu Cecilija Kos i Franciszka Kos przewiezione z Mariboru).
Po wojnie do władzy doszli komuniści, którzy również prześladowali Świadków Jehowy. Działalność kaznodziejska została obłożona zakazem, więc głosiciele działali konspiracyjnie, a zebrania organizowano potajemnie. W lutym 1947 roku grupę 17 osób oskarżono o działalność agenturalną na rzecz Stanów Zjednoczonych w celu obalenia socjalizmu i przywrócenia ustroju kapitalistycznego. Na kary od roku do 15 lat więzienia skazano 14 Świadków Jehowy, a Rudolfa Kalle, Dušana Mikića i Edmunda Stropnika na karę śmierci przez rozstrzelanie. Po protestach współwyznawców z zagranicy karę śmierci zamieniono na 20 lat więzienia. Sąd uniewinnił jedynie Vjekoslava Kosa, którego rodzina zginęła w obozie koncentracyjnym Dachau. Wyroki skazujące na kilkuletnie więzienie dla osób prowadzących działalność kaznodziejską wydawano do 1952 roku.