Proces odbył się w dniach 6-9 grudnia 1944 w obecności namiestnika Rzeszy Niemieckiej w Kraju Warty, gauleitera Arthura Greisera. Razem z Greiserem proces obserwowali przedstawiciele niemieckich miejscowych władz partyjnych i państwowych oraz prezes Sądu Proboss, prokurator Steinberg i kierownik Urzędu Okręgu do spraw Ludnościowych, kurator uniwersytecki, doktor Streit. Prawie wszyscy oskarżeni, w tym K. Wünsche, za zdradę narodu niemieckiego i szpiegostwo zostali skazani na karę śmierci.
Zgodnie z obowiązującym prawem niemieckim wyrok śmierci mógł zostać wykonany dopiero po upływie stu dni. Jednakże do Kalisza zbliżały się wojska sowieckie i w tej sytuacji 19 stycznia 1945, na dwa dni przed zajęciem Kalisza przez Armię Czerwoną, Konrad Wünsche został rozstrzelany w grupie 56 innych członków antyhitlerowskiego podziemia w lesie koło Skarszewa. Po ekshumacji dokonanej 26 kwietnia 1945 i rozpoznaniu zwłok został pochowany w rodzinnym grobowcu na cmentarzu ewangelicko-augsburskim w Kaliszu.