W reprezentacji Serbii zadebiutował 28 marca 2009 roku w meczu z Rumunią, który odbył się w Konstancy (3:2). Pierwszy mecz na terenie Serbii rozegrał 6 czerwca 2010 roku w meczu z Austrią. Mecz ten, który odbył się na najpojemniejszym stadionie Belgradu – Marakanie, oglądało 60 000 widzów. 10 czerwca zdobył swoją pierwszą bramkę dla reprezentacji w meczu przeciwko Wyspom Owczym (2:0). W 2010 roku został powołany na mistrzostwa świata, które odbyły się w Południowej Afryce. Zagrał na nich w dwóch meczach: z Ghaną (0:1), w którym grał od 76. minuty i Niemcami (1:0), gdzie grał w pełnym wymiarze czasowym. Ostatecznie Serbowie zajęli ostatnie miejsce w grupie i nie awansowali dalej.
Styl gry Na stronie internetowej Borussii Dortmund, Neven Subotić przedstawiony został jako „nowoczesny środkowy obrońca”, grający z pewnością siebie i posiadający wyjątkowe zdolności pozycjonowania, umożliwiające mu osiąganie doskonałych wyników „prawie beż żadnych sytuacji faulowych”. John Hackworth, były asystent trenera amerykańskiej kadry U-17, stwierdził, że Subotić ma odpowiednią dla gracza mentalność oraz pragnienie walki. Technicznie natomiast jest dobrym odbiorcą piłek oraz posiada odpowiedni zasięg podań.