W sumie sezon 2011/2012 zakończył z bilansem 25/0 w lidze, 4/0 w Lidze Mistrzów i 5/0 w Pucharze Niemiec.
Kariera reprezentacyjna Reprezentacje Stanów Zjednoczonych U-17 i U-20 Neven Subotić został powołany przez Johna Hackwortha do kadry U-17 USA na mistrzostwa świata U-17, które we wrześniu 2005 roku odbywały się w Peru. Subotić, wtedy niespełna szesnastolatek, zagrał we wszystkich meczach fazy grupowej (z Włochami, Wybrzeżem Kości Słoniowej oraz Koreą Północną), wchodząc z ławki rezerwowej zawsze około pięć minut przed końcem meczu. W ćwierćfinałowym meczu przeciwko Holandii (0:2) grał przez pełne 90 minut. W sumie w reprezentacji U-17 Subotić wystąpił 10-krotnie.
Subotić zagrał również w dwóch meczach reprezentacji USA U-20, z Argentyną oraz Gwatemalą. Na więcej nie pozwoliła mu postawa trenera Thomasa Rongena, który skrytykował młodego piłkarza za transfer do niemieckiego klubu FSV Mainz i nie powołał go na nadchodzące Mistrzostwa Świata U-20 2007.