Na cmentarzu doszło do licznych aktów wandalizmu i kradzieży niektórych macew.
21 sierpnia 2002 cmentarz wizytował ambasador Izraela w Polsce Szewach Weiss. W 2001 Gmina Wyznaniowa Żydowska we Wrocławiu, w której zasięgu terytorialnym znajduje się Prudnik, wnioskowała o zwrócenie jej skweru, na którym stała synagoga, a także cmentarza żydowskiego. Gmina Prudnik przekazała te tereny gminie żydowskiej w 2009.
Obiekty
Nagrobki Na powierzchni 0,2 ha zachowało się około 140 nagrobków. Zostały wykonane z marmuru, granitu, piaskowca i kamienia wapiennego. Inskrypcje w językach hebrajskim i niemieckim. Swoją wysokością wyróżnia się grobowiec Samuela i Esther Fränklów.
Kaplica
mały|Kaplica, obecnie zbór Kościoła Zielonoświątkowego Dom przedpogrzebowy na terenie prudnickiego cmentarza żydowskiego został wybudowany w 1906. Według Arkadiusza Barona, do budowy tego obiektu w największym stopniu przyczynił się Josef Pinkus. Posiada unikatową architekturę, wzorowaną na synagogach. Zbudowany został z cegły na planie prostokąta z przedsionkiem od południa.