3 września wybrano ich do ostatniego transportu do obozu koncentracyjnego Auschwitz. 30 października Margot i Anne zostały przewiezione do obozu Bergen-Belsen, gdzie zimą obie zaraziły się tyfusem. Według zeznania Janny Brandes-Brilleslijper, pielęgniarki aresztowanej za pomoc holenderskiemu ruchowi oporu i która poznała rodzinę Franków w Westerbork, Margot Frank zmarła krótko przed śmiercią Anne – pod koniec lutego lub na początku marca 1945 roku. Janny i jej siostra Lin Jaldati pochowały siostry razem w jednym z grobów masowych znajdujących się na terenie obozu.
Ojciec rodziny, Otto Frank, był jedyną osobą z grupy ukrywającej się w domu przy Prinsengracht, która przeżyła wojnę. Po powrocie do Amsterdamu, otrzymał rękopisy dziennika zmarłej córki Anne i doprowadził do ich publikacji.
Pamiętnik Margot, który jest wspomniany w „Dzienniku” Anne Frank, nigdy nie został odnaleziony. Listy napisane przez obie siostry do amerykańskich przyjaciół opublikowano w 2003 roku.
Linki zewnętrzne Fotografia szkolna Margot Frank z 1941 roku Wywiad z koleżanką szkolną Margot