Nagrody W 2004 r. strona internetowa Biblioteki Głównej GUMed (ówczesnej Akademii Medycznej w Gdańsku) otrzymała II nagrodę w ogólnopolskim konkursie na Najlepsze witryny internetowe bibliotek polskich, ogłoszonym przez Komisję Wydawnictw Elektronicznych i Komisję Automatyzacji przy Zarządzie Głównym Stowarzyszenia Bibliotekarzy Polskich w kategorii biblioteki szkół wyższych, instytutów naukowych oraz instytucji centralnych.
W 2010 r., w uznaniu zasług dla polskiego bibliotekarstwa, Biblioteka została odznaczona przez SBP medalem Bibliotheca Magna - Perennisque, czyli Biblioteka wielka i wieczna, najwyższym odznaczeniem, jakie może otrzymać biblioteka.
W 2012 r., wyróżnienie w konkursie „Pozytywista Roku 2011". Gdański Uniwersytet Medyczny otrzymał wyróżnienie, uhonorowane dyplomem i medalem, w konkursie „Pozytywista Roku" za rok 2011 - inicjatywie Fundacji Regionalnych Inkubatorów Przedsiębiorczości „Wokulski", w kategorii „Kultura i sztuka". Wyróżnienie to zostało przyznane za koncepcję i realizację Projektu Partnerskiego Pomorskiej Biblioteki Cyfrowej.