Tym bardziej że rządzący Konstantynopolem łacinnicy, po śmierci cesarza Roberta de Courtenay w 1228 roku i objęciu władzy przez jedenastoletniego Baldwina II, niezdolnego do przeciwstawienia się energicznemu władcy Epiru, chcieli przekazać regencję carowi. Po zerwaniu sojuszu Teodor zaatakował Bułgarów i 9 marca 1230 roku pod Kłokotnicą poniósł swoją pierwszą i od razu druzgoczącą klęskę. Dostał się do niewoli i został oślepiony. Trację z Adrianopolem, Macedonię Egejską i ziemie albańskie zajęli Bułgarzy. Państwo Teodora rozpadło się. Władzę w Tesalonice objął tolerowany przez Bułgarów brat cesarza Manuel. W Epirze w krótkim czasie usamodzielnił się Michał II Angelos, nieślubny syn Michała I, brata Teodora. Akarnania i Etolia przeszły pod panowanie trzeciego brata Teodora, Konstantyna.
Ostatnie lata W 1236 roku car bułgarski, który przez dwa lata wspólnie z cesarzem nicejskim Janem III Watatzesem oblegał Konstantynopol, zaatakował swego dotychczasowego sojusznika. Potrzebował teraz silniejszego niż Manuel sojusznika na zachodzie, wypuścił więc z niewoli oślepionego ekscesarza Teodora. Teodorowi mimo doznanych klęsk nie zabrakło energii i zdolności. W krótkim czasie zdołał odsunąć od władzy Manuela i powierzyć ją synowi Janowi, którego nakłonił do przyjęcia tytułu cesarskiego.