Mimo rozpowszechnianych później opinii nekropolia wcale nie została zdewastowana przez Niemców podczas II wojny światowej.
W 1940 roku w Berlinie przetłumaczono z języka hebrajskiego na niemiecki rejestr cmentarny frankfurckiej gminy żydowskiej, obejmujący okres 1677–1866 i zawierający ok. 1100 wpisów. W 1941 roku pochowano tu 110 osób z obozu pracy w Finkenheerd, które niemal bez wyjątku pochodziły z Łodzi, zaś w 1942 roku teren musiał zostać przekazany pod zarząd Zrzeszenia Żydów w Niemczech z siedzibą w Berlinie.
15 lutego 1944 roku samoloty Royal Air Force zbombardowały cmentarz i uszkodziły m.in. północną ścianę domu przedpogrzebowego oraz niektóre nagrobki, m.in. dra Baswitza i Martina Heydemanna. Tuż za domem przedpogrzebowym powstał spory krater. Ostatni oficjalny pochówek odbył się 11 grudnia 1944 roku, 2 miesiące przed ewakuacją niemieckiej ludności tego terenu.
Okres Polski Ludowej (1945-1989) Od maja do czerwca 1945 r. na głównej drodze do domu przedpogrzebowego pochowano co najmniej 82 osoby, głównie w okolicy żołnierzy Wehrmachtu oraz Volkssturmu. W okresie powojennym przy aprobacie władz komunistycznych następowała stopniowa dewastacja cmentarza. 27 stycznia 1959 r. Minister Gospodarki Komunalnej wydał pismo okólne nr 3 w sprawie przedkładania wniosków o zamykanie i likwidację cmentarzy.