Kolegium działa przy Radzie Ministrów na podstawie art. 11–13 ustawy z dnia 24 maja 2002 r. o Agencji Bezpieczeństwa Wewnętrznego oraz Agencji Wywiadu.Ustawa z dnia 24 maja 2002 r. o Agencji Bezpieczeństwa Wewnętrznego oraz Agencji Wywiadu (). Szczegółowy tryb i zasady funkcjonowania Kolegium oraz zakres czynności sekretarza określa rozporządzenie Rady Ministrów z dnia 2 lipca 2002 r. ().Rozporządzenie Rady Ministrów z dnia 2 lipca 2002 r. w sprawie szczegółowego trybu i zasad funkcjonowania Kolegium do Spraw Służb Specjalnych oraz zakresu czynności sekretarza tego Kolegium ().
Obsługę Kolegium zapewnia Kancelaria Prezesa Rady Ministrów (art. 12 ust. 8). Posiedzenia Kolegium mają charakter niejawny (§ 3 ust. 1).
Geneza Kolegium do spraw Służb Specjalnych zostało utworzone w 1996 r. przy Radzie Ministrów jako organ opiniodawczo-doradczy Prezesa Rady Ministrów w sprawach związanych z funkcjonowaniem służb specjalnych: UOP oraz WSI.M. Kolaszyński, Status ustrojowy polskich służb specjalnych po 1989 roku, Kraków 2016, s. 202 (dostęp: 2026-02-04).D. Rowiecka, Służby specjalne - nadzór i kontrola, [w:] Bezpieczny obywatel - bezpieczne państwo, red. J. Czapska, J. W i d a c k i, Lublin 1998, s.107. Podstawę prawną jego powołania stanowiła ustawa z dnia 8 sierpnia 1996 r. nowelizująca m.in. ustawę z 6 kwietnia 1990 r.