Wśród pasożytniczych grzybów istnieją grzyby kwarantannowe, których zwalczanie według obecnego stanu wiedzy jest praktycznie niemożliwe i jedynym ratunkiem pozostaje zniszczenie plantacji i zakaz uprawianie na tym miejscu przez określony czas gatunków roślin podatnych na kwarantannowego patogena.
Najważniejsze patogeny roślin Według ankiety przeprowadzonej w 2012 roku wśród fitopatologów przez czasopismo „Molecular Plant Pathology” 10 najważniejszych grzybów będących pasożytami roślin to: Pyricularia oryzae, Botrytis cinerea, Puccinia sp., Fusarium graminearum, Fusarium oxysporum, Blumeria graminis, Mycosphaerella graminicola, Colletotrichum sp., Ustilago maydis, Melampsora lini. Są też grzyby związane z mchami (grzyby mszakolubne), a część z nich jest pasożytami mchów.
Grzyby chorobotwórcze Nazwą tą określa się grzyby pasożytujące na ludziach i innych kręgowcach. Wywołują choroby zakaźne zwane grzybicami. U ludzi najczęściej występują na skórze i paznokciach, ale są też gatunki atakujące narządy wewnętrzne, zwłaszcza układ oddechowy. Grzybice występują także u innych kręgowców, a u ryb grzybopodobne lęgniowce z rodziny Saprolegniaceae wywołują groźną chorobę zwaną saprolegniozą.